COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-03 17:00:00 12.723539 12.723539 12.638755
2021-05-02 17:00:00 14.393832 14.393832 12.742252
2021-05-01 17:00:00 11.098176 11.098176 12.748634
2021-04-30 17:00:00 12.734763 12.734763 12.872879
2021-04-29 17:00:00 12.298707 12.298707 12.990340
2021-04-28 17:00:00 12.391568 12.391568 13.079247
2021-04-27 17:00:00 10.507393 10.507393 13.238479

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-03 17:00:00 9.762533 2.214243 9.074466
2021-05-02 17:00:00 15.014164 15.014164 9.132470
2021-05-01 17:00:00 10.600375 10.600375 9.054726
2021-04-30 17:00:00 9.151515 9.151515 9.064190
2021-04-29 17:00:00 11.524823 11.524823 9.261344
2021-04-28 17:00:00 9.757442 9.757442 9.293074
2021-04-27 17:00:00 4.684789 9.311741 9.400261

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-03 17:00:00 14.772727 3.706344 18.937482
2021-05-02 17:00:00 22.383721 10.860367 19.399204
2021-05-01 17:00:00 28.674352 28.674352 19.834909
2021-04-30 17:00:00 26.219512 26.219512 20.286126
2021-04-29 17:00:00 23.024523 23.024523 20.698155
2021-04-28 17:00:00 22.341697 22.341697 20.973092
2021-04-27 17:00:00 12.693935 23.413258 21.064037

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-03 17:00:00 13.028571 6.924829 11.525146
2021-05-02 17:00:00 14.689266 14.689266 11.823228
2021-05-01 17:00:00 10.439901 10.439901 12.200622
2021-04-30 17:00:00 11.539560 11.539560 12.359362
2021-04-29 17:00:00 12.643678 12.643678 12.516696
2021-04-28 17:00:00 13.941627 13.941627 12.634219
2021-04-27 17:00:00 12.332440 12.332440 12.806100

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-03 17:00:00 18.101170 11.660777 12.499297
2021-05-02 17:00:00 12.656806 17.262685 12.553722
2021-05-01 17:00:00 10.467551 10.467551 12.480745
2021-04-30 17:00:00 12.389843 12.389843 12.501396
2021-04-29 17:00:00 12.007981 12.007981 12.442648
2021-04-28 17:00:00 10.473107 10.473107 12.451058
2021-04-27 17:00:00 11.267798 11.267798 12.553764

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-03 17:00:00 31.344743 31.344743 27.150892
2021-05-02 17:00:00 36.398467 36.398467 27.315093
2021-05-01 17:00:00 20.284544 20.284544 27.213406
2021-04-30 17:00:00 34.615385 27.267509 27.400832
2021-04-29 17:00:00 20.936698 27.824357 27.507663
2021-04-28 17:00:00 16.508100 24.427873 27.049211
2021-04-27 17:00:00 23.136000 23.136000 27.093273

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-03 17:00:00 7.858243 7.858243 10.631034
2021-05-02 17:00:00 2.988792 2.988792 10.414920
2021-05-01 17:00:00 6.456283 14.704913 10.347488
2021-04-30 17:00:00 11.238293 11.238293 10.369783
2021-04-29 17:00:00 5.109139 14.534289 10.371866
2021-04-28 17:00:00 inf NaN 10.457453
2021-04-27 17:00:00 9.226190 9.226190 10.566738

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-03 17:00:00 9.788242 5.623820 5.728667
2021-05-02 17:00:00 11.804142 5.422946 5.770174
2021-05-01 17:00:00 5.720861 5.720861 5.828620
2021-04-30 17:00:00 6.330437 6.330437 5.900497
2021-04-29 17:00:00 5.380050 6.151994 5.976127
2021-04-28 17:00:00 5.860607 5.860607 6.031881
2021-04-27 17:00:00 5.114658 5.114658 6.027608

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-03 17:00:00 11.728931 6.277610 10.763299
2021-05-02 17:00:00 12.617114 12.617114 11.021678
2021-05-01 17:00:00 9.525881 9.525881 11.238482
2021-04-30 17:00:00 12.843183 12.843183 11.536412
2021-04-29 17:00:00 11.644101 11.644101 11.734866
2021-04-28 17:00:00 12.453532 12.453532 11.914414
2021-04-27 17:00:00 9.418403 9.418403 12.084295

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-03 17:00:00 8.229974 8.229974 11.962638
2021-05-02 17:00:00 11.111111 11.111111 12.189827
2021-05-01 17:00:00 10.743885 10.743885 12.445933
2021-04-30 17:00:00 11.802335 11.802335 12.737796
2021-04-29 17:00:00 13.010607 13.010607 13.033688
2021-04-28 17:00:00 13.163001 13.163001 13.271275
2021-04-27 17:00:00 10.014631 10.014631 13.419618

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-03 17:00:00 18.553459 2.664258 8.825369
2021-05-02 17:00:00 13.552361 5.682307 9.206983
2021-05-01 17:00:00 8.797554 8.797554 9.540197
2021-04-30 17:00:00 14.102564 14.102564 9.937821
2021-04-29 17:00:00 12.193191 12.193191 10.275057
2021-04-28 17:00:00 11.418816 11.418816 10.523288
2021-04-27 17:00:00 10.674964 10.674964 10.769930

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-03 17:00:00 6.162465 6.162465 5.459314
2021-05-02 17:00:00 6.167401 6.167401 5.282768
2021-05-01 17:00:00 5.317324 5.317324 5.445017
2021-04-30 17:00:00 5.131579 5.131579 5.317306
2021-04-29 17:00:00 7.047619 7.047619 5.558307
2021-04-28 17:00:00 2.790698 5.300353 5.514707
2021-04-27 17:00:00 0.967742 0.967742 5.457807

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-03 17:00:00 1.785714 23.392857 6.306801
2021-05-02 17:00:00 3.559071 3.559071 6.302689
2021-05-01 17:00:00 47.202797 23.951049 6.236289
2021-04-30 17:00:00 6.615385 6.615385 6.152762
2021-04-29 17:00:00 6.118881 6.118881 6.182469
2021-04-28 17:00:00 4.837431 4.837431 6.103765
2021-04-27 17:00:00 3.067093 3.067093 5.985468

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-03 17:00:00 1.724138 6.679764 25.234881
2021-05-02 17:00:00 16.666667 16.666667 26.327183
2021-05-01 17:00:00 20.365535 20.365535 27.011510
2021-04-30 17:00:00 34.519573 34.519573 28.116935
2021-04-29 17:00:00 37.634409 37.634409 29.441629
2021-04-28 17:00:00 42.272727 42.272727 30.958162
2021-04-27 17:00:00 31.560284 31.560284 31.646700

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-03 17:00:00 12.355908 5.603660 13.440330
2021-05-02 17:00:00 23.214286 23.214286 13.849625
2021-05-01 17:00:00 11.600684 11.600684 13.876063
2021-04-30 17:00:00 15.334517 15.334517 14.171858
2021-04-29 17:00:00 16.620669 16.620669 14.629695
2021-04-28 17:00:00 18.799493 18.799493 14.887176
2021-04-27 17:00:00 11.251687 11.251687 15.068181

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-03 17:00:00 12.894534 12.894534 34.477729
2021-05-02 17:00:00 72.192513 72.192513 35.250334
2021-05-01 17:00:00 42.529168 42.529168 35.367746
2021-04-30 17:00:00 35.612083 35.612083 36.523890
2021-04-29 17:00:00 38.212831 38.212831 37.386735
2021-04-28 17:00:00 32.871795 32.871795 37.896533
2021-04-27 17:00:00 23.208791 23.208791 38.188330

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-03 17:00:00 5.041322 2.002955 5.586631
2021-05-02 17:00:00 4.265566 4.265566 5.904314
2021-05-01 17:00:00 5.430933 5.430933 6.166565
2021-04-30 17:00:00 8.645432 8.645432 6.428181
2021-04-29 17:00:00 6.418605 6.418605 6.720024
2021-04-28 17:00:00 8.291457 8.291457 7.040012
2021-04-27 17:00:00 6.222639 6.222639 7.300461

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-03 17:00:00 11.495693 11.495693 11.259054
2021-05-02 17:00:00 14.577039 14.577039 11.273015
2021-05-01 17:00:00 10.862481 10.862481 11.316417
2021-04-30 17:00:00 10.176102 10.176102 11.245792
2021-04-29 17:00:00 10.397883 10.397883 11.324034
2021-04-28 17:00:00 10.914356 10.914356 11.441212
2021-04-27 17:00:00 9.838811 9.838811 11.530617

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-03 17:00:00 15.650741 15.650741 10.118842
2021-05-02 17:00:00 12.760007 12.760007 10.140929
2021-05-01 17:00:00 8.780536 8.780536 10.086723
2021-04-30 17:00:00 9.214150 9.214150 10.080949
2021-04-29 17:00:00 9.918914 9.918914 10.143226
2021-04-28 17:00:00 9.746835 9.746835 10.208113
2021-04-27 17:00:00 8.161351 8.161351 10.212289

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-03 17:00:00 21.084337 4.134672 10.814704
2021-05-02 17:00:00 27.777778 27.777778 11.224978
2021-05-01 17:00:00 8.743169 8.743169 11.492650
2021-04-30 17:00:00 14.598540 14.598540 12.000591
2021-04-29 17:00:00 21.534937 11.626575 12.273455
2021-04-28 17:00:00 11.251435 11.251435 12.582725
2021-04-27 17:00:00 9.846154 9.846154 12.781810

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-03 17:00:00 40.579710 40.579710 27.487033
2021-05-02 17:00:00 21.100917 21.100917 27.524689
2021-05-01 17:00:00 18.296530 32.132964 27.634892
2021-04-30 17:00:00 22.018349 22.018349 27.706518
2021-04-29 17:00:00 30.049261 30.049261 27.559828
2021-04-28 17:00:00 20.218579 20.218579 27.847995
2021-04-27 17:00:00 19.230769 19.230769 27.201906

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-03 17:00:00 18.019802 21.374445 23.541817
2021-05-02 17:00:00 13.260782 31.761387 23.762030
2021-05-01 17:00:00 20.342755 20.342755 23.952359
2021-04-30 17:00:00 20.138002 20.138002 24.225542
2021-04-29 17:00:00 24.993317 24.993317 24.370429
2021-04-28 17:00:00 24.503817 24.503817 24.823741
2021-04-27 17:00:00 21.131323 21.131323 24.834923

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 9.762533 2.214243 9.074466
Basilicata 14.772727 3.706344 18.937482
Calabria 13.028571 6.924829 11.525146
Campania 18.101170 11.660777 12.499297
Emilia-Romagna 31.344743 31.344743 27.150892
Friuli Venezia Giulia 7.858243 7.858243 10.631034
Lazio 9.788242 5.623820 5.728667
Liguria 11.728931 6.277610 10.763299
Lombardia 8.229974 8.229974 11.962638
Marche 18.553459 2.664258 8.825369
Molise 6.162465 6.162465 5.459314
P.A. Bolzano 1.785714 23.392857 6.306801
P.A. Trento 1.724138 6.679764 25.234881
Piemonte 12.355908 5.603660 13.440330
Puglia 12.894534 12.894534 34.477729
Sardegna 5.041322 2.002955 5.586631
Sicilia 11.495693 11.495693 11.259054
Toscana 15.650741 15.650741 10.118842
Umbria 21.084337 4.134672 10.814704
Valle d'Aosta 40.579710 40.579710 27.487033
Veneto 18.019802 21.374445 23.541817

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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